EXP sequence format

From BioPerl
Jump to: navigation, search


Description

The exp sequence format stores a quality score for each base or nucleotide.

This file format can be parsed by the Bio::SeqIO system using the Bio::SeqIO::exp module.

Example

ID   (stdin)
EN   (stdin)
LN   (stdin)
LT   SCF
QR   1107
AV   7 7 7 7 7 6 6 6 6 4 4 4 6 6 6 6 12 21 24 29 29 19 16 7 7 8 13 
AV        13 22 22 25 29 29 34 32 35 35 35 35 40 40 51 51 51 45 45 
AV        45 56 40 40 40 40 40 40 46 46 56 42 42 56 45 40 40 40 40 
AV        40 42 42 35 33 33 35 35 35 46 56 56 40 40 40 40 34 33 33 
AV        24 24 12 14 9 11 16 31 31 48 48 48 48 40 20 19 8 6 6 6 
AV        8 21 25 30 32 32 33 37 40 40 56 56 56 56 42 33 27 15 15 
AV        15 33 33 42 56 48 44 42 33 33 20 22 13 13 13 22 22 42 44 
AV        42 42 42 42 42 42 42 38 38 45 45 45 40 37 37 36 40 35 37 
AV        38 40 40 42 40 45 38 40 42 37 40 40 40 40 45 56 46 42 42 
AV        42 43 56 56 43 51 45 40 40 40 40 40 44 44 56 39 40 35 36 
AV        36 40 42 42 42 50 50 44 47 44 56 56 44 44 42 42 40 40 40 
AV        37 37 40 40 40 45 37 40 35 35 35 35 40 40 40 40 44 44 36 
AV        36 19 25 14 33 33 35 35 35 40 36 38 37 37 37 42 42 42 42 
AV        35 35 35 42 37 42 36 36 36 35 35 35 42 42 42 42 42 42 42 
AV        56 42 42 42 42 42 37 37 42 42 42 42 42 42 34 34 34 42 31 
AV        32 28 28 28 31 29 33 29 25 17 24 21 17 9 8 10 13 12 17 
AV        10 9 9 9 10 8 11 11 11 8 9 9 9 8 7 10 8 8 6 6 8 8 12 10 
AV        9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 11 10 9 9 9 13 9 11 9 9 7 7 10 8 8 
AV        8 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 7 8 9 9 9 7 7 7 7 7 7 9 9 8 10 
AV        8 8 8 11 10 11 10 11 9 8 6 8 8 8 8 8 9 11 20 20 16 13 6 
AV        6 8 8 9 10 10 10 11 13 10 9 9 11 11 15 21 17 13 9 9 10 
AV        9 9 8 8 8 9 9 9 6 6 8 8 9 13 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 11 
AV        8 8 6 6 6 6 13 10 10 8 8 6 6 8 9 10 10 10 9 9 9 10 10 8 
AV        8 6 6 6 6 11 9 8 12 9 9 9 12 10 9 9 9 8 8 6 6 6 8 9 9 9 
AV        9 9 9 9 8 4 4 8 8 9 11 16 11 9 8 8 8 8 6 6 8 8 8 9 11 11 
AV        11 10 6 6 6 6 6 6 6 6 6 8 6 7 9 9 9 9 9 11 10 14 10 13 
AV        9 9 8 8 8 8 8 9 9 11 11 11 8 7 13 10 12 9 8 8 11 11 8 6 
AV        8 6 6 9 6 6 9 13 10 8 8 6 6 8 9 7 7 12 12 6 6 8 8 9 6 8 
AV        8 8 6 6 8 13 11 6 6 6 6 6 6 7 7 6 6 6 6 6 6 6 9 9 8 10 
AV        6 6 6 6 6 9 6 6 8 6 6 8 8 10 4 4 4 8 9 9 12 12 10 9 8 8 
AV        6 6 8 6 6 6 6 8 8 4 4 4 6 6 6 6 6 9 7 8 9 8 8 8 10 10 10 
AV        8 6 6 8 8 8 9 9 6 6 12 6 6 8 9 9 7 7 9 9 9 9 7 7 9 9 9 
AV        10 8 7 9 9 7 7 7 7 9 7 6 6 6 6 8 8 7 7 9 9 9 13 8 8 6 6 
AV        9 6 7 7 8 9 8 8 6 6 6 6 8 6 6 6 6 6 8 6 7 6 6 6 7 7 7 9 
AV        9 10 9 11 11 14 13 13 9 9 9 6 6 8 8 8 8 9 14 10 9 9 7 10 
AV        9 11 8 8 8 8 10 10 10 9 9 8 8 6 7 7 9 6 6 9 10 11 11 7 
AV        7 11 10 10 11 9 11 8 8 11 9 9 7 6 6 6 14 8 8 13 11 11 11 
AV        9 9 9 8 11 6 6 8 8 9 9 8 8 8 8 8 6 9 19 21 15 13 11 9 13 
AV        9 10 16 16 9 9 9 9 10 9 9 9 6 6 8 8 6 6 10 8 10 9 9 6 6 
AV        8 8 8 8 8 6 6 8 8 6 6 8 8 8 8 6 6 8 6 6 8 8 8 8 9 12 12 
AV        12 8 8 9 21 19 15 12 9 9 9 9 9 12 16 11 11 11 12 12 9 7 
AV        9 9 10 9 8 8 11 13 12 9 9 9 9 10 9 8 8 6 6 9 8 9 9 11 10 
AV        10 11 10 8 7 8 8 6 6 6 8 9 9 11 11 16 9 9 10 9 9 9 9 9 
AV        9 9 8 8 6 6 8 8 8 6 6 8 8 9 9 9 9 9 9 9 9 10 9 10 10 11 
AV        14 21 20 18 14 11 9 6 6 6 7 6 6 8 8 9 9 10 10 10 10 9 9 
AV        9 11 11 9 10 6 6 8 8 9 9 6 6 6 6 8 8 9 9 9 9 9 7 7 9 9 
AV        9 9 9 9 9 12 9 9 9 9 9 9 10 12 9 10 10 11 11 11 12 10 7 
AV        7 9 7 7 9 13 9 9 9 6 6 6 8 8 8 6 6 
SQ   
     GATGATTCCG GCTTCGGACG ACTCTAGAGG ATCCCCATTT TTATAGTTTT TATCTTGTAA
     TAGATGTTTA GATTTTTCGT TGTAATTATT TTCTTTATTG TTGAAATTAG TATCTCTGGG
     TAATTTATCA TATTCTCTGG AAAATGATTT ACTATCACTA GATACTTCAT AAGATTTATA
     ATCTTTATTA TGAAAATCAT CTCTATTTTT CAAATTATTA TTATATCTAT CAAAGTTTCT
     GTCTTCATTA TATCTATTAG CATATCTATC TTTATCTTTA TCCCTATCAC TATATCTATC
     ATATGGTTCA TCTTGTTCAA CCGATCAGAC TCGATTCGCC ATCGCCTCTA ACGGATGGCC
     GCTCCCCCTC TCATACCTCG CTCCCCTCGA CATCCCCCGT CTCGCCACCC TATCCGCCCC
     CTTCATCACC CCCCCTTATC CACACCCTCA CCCCCCGCAT CGCGCACCCA CGACCACCCG
     AAGAACCGCC CTTACTCCCA AGTACGCCCC GACCTCCATC ACCCTATGCG GTACCACTCC
     CACCACACCC AGTCCTACTT TCGCCCGCAC ATCGGCCCCG CTTCAGACAG CTCCCAACTA
     CGCAACCCAC GCTTGTTCTT GTTCACACTC GAATACTCGA ATCTCTCATT ACTCCGCGGA
     CTCCGCCGCA CCTGTGCACC ATTAACTGTG TAGCGCCTGA ACCGGCACCT CTGATTACCA
     CTTCCTCCAC CAGCACAGTC CTATTACCGC ATGTCGCTCT GCTAAGACAG TGCAAGACTC
     TGCGGTCGCT CTGACCCGCA TCCGCCAGGG CACCTCTCAC CCTCGCTGGC CACCCCGCCC
     CCCTCTCCCT GCCCCTTCAT TCCCCCAAAC CGCTTTCAAC GGGACACACC CCTCCGCGGC
     GGACCACAAC TCGCCGTCGG CCACCACTCA CACCTTCCCT CCTCCTTCCC CCACATCACG
     CCAACCCCGT GGGACGGCTC TCCCGCGGCT ACGACGCGCA ACCCCCCCTC GCCGCTTCCC
     CCCCAACTTC CCACGGGCTC CCCTCCGCCC CTTACCCGCG AGGAGCTTCA CCCGCGAACC
     ACCTCCCCCC TTTCCCAACA GCACCG
//
Personal tools
Namespaces
Variants
Actions
Main Links
documentation
community
development
Toolbox